在Windows Server 2003上安装和配置PHP 5.3.8与IIS6的过程相对复杂，但遵循以下步骤可以确保顺利完成，以下是详细的安装和配置教程：
一、安装IIS6
1、安装IIS6：首先确保已经成功安装了IIS6，如果尚未安装，可以通过“控制面板” > “添加或删除程序” > “添加/删除Windows组件”来安装IIS服务。
二、下载并安装必要组件
1、下载FastCGI For IIS6：由于PHP 5.3不再支持ISAPI，而是使用FastCGI，因此需要下载并安装FastCGI For IIS6，下载地址：http://www.iis.net/download/fastcgi，选择适用于x86系统的fcgisetup_1.5_rtw_x86.msi进行安装。
2、下载Microsoft Visual C++ 2008 Redistributable Package (x86)：这是运行PHP所需的VC9运行库，下载地址：http://www.microsoft.com/zhcn/download/details.aspx?id=29。
三、下载并解压PHP
1、下载PHP 5.3.8：访问http://windows.php.net/download/，选择VC9 x86 Non Thread Safe的ZIP版本进行下载。
2、解压PHP文件：将下载的压缩包解压到指定目录，如C:\php，并确保该目录对用户有读取和运行权限。
四、配置FastCGI与PHP
1、注册PHP到FastCGI：在命令行下运行以下命令，将PHP注册到FastCGI中：
cscript "C:\WINDOWS\system32\inetsrv\fcgiconfig.js" add section:"PHP" extension:php path:"C:\php\phpcgi.exe"
注意替换C:\php为实际PHP安装路径。
2、配置PHP.ini：将php.inidevelopment重命名为php.ini，并进行以下修改：
搜索;extension_dir = "./"，修改为extension_dir = "c:\php\ext"，记得去掉注释。
根据需要调整其他配置项，如upload_tmp_dir、date.timezone等。
五、配置IIS管理器
1、设置执行权限：在IIS管理器中，右键点击网站，选择“属性”，在“主目录”标签下，设置“执行权限”为“纯脚本和可执行文件”。
2、添加默认文档：在“文档”标签中，添加index.php作为默认文档。
3、配置FastCGI Handler：在“WEB服务扩展”中添加FastCGI Handler，并设置为允许。
六、测试PHP安装
1、创建测试文件：在网站根目录下创建一个名为index.php的文件，内容如下：
<?php phpinfo(); ?>
2、访问测试页面：通过浏览器访问http://127.0.0.1/index.php或http://localhost/index.php，如果看到PHP信息页面，则说明PHP安装成功。
注意事项
确保所有路径和文件名都正确无误。
如果遇到任何错误，请检查错误日志以获取更多信息。
在进行配置更改后，建议重启IIS服务以确保更改生效。
通过以上步骤，您应该能够在Windows Server 2003上成功安装和配置PHP 5.3.8与IIS6，如果在过程中遇到任何问题，请参考相关文档或社区资源寻求帮助。