在Windows Server 2003 R2系统升级过程中，如果遇到提示“另一个应用程序要求重新启动计算机”的问题，通常是因为有其他程序正在运行或者有文件锁定，导致系统无法完成升级，以下是解决这一问题的几种方法：
1、删除注册表项
打开注册表编辑器：点击“开始”菜单，选择“运行”，输入regedit并按回车键，打开注册表编辑器。
定位到指定路径：在注册表编辑器中，找到以下路径：HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager\PendingFileRenameOperations。
删除PendingFileRenameOperations项目：右键点击PendingFileRenameOperations，选择“删除”，这个操作将清除所有挂起的文件重命名操作，使系统能够继续进行升级或安装操作。
2、检查并关闭占用进程
使用任务管理器：按下Ctrl + Shift + Esc键打开任务管理器，查看是否有其他不必要的进程在运行，如果有，尝试结束这些进程，特别是与安装相关的进程，如msiexec.exe等。
使用资源监视器：在任务管理器中，切换到“性能”选项卡，然后点击“资源监视器”，在“CPU”选项卡下，查看是否有与安装相关的进程占用大量资源，如果有，尝试结束这些进程。
3、重启计算机
如果以上方法均无效，可以尝试重启计算机，重启后，再次尝试进行升级操作，有时，简单的重启可以解决很多看似复杂的问题。
4、检查系统文件和更新
确保系统文件没有损坏，并且所有必要的更新都已安装，可以使用系统自带的“系统文件检查器”（sfc /scannow）来检查并修复系统文件。
确保系统已经安装了所有最新的安全补丁和更新。
5、使用管理员权限
尝试以管理员身份运行安装程序或升级工具，右键点击安装程序或升级工具的图标，选择“以管理员身份运行”。
6、检查硬件和驱动程序
确保所有硬件设备都已正确连接，并且驱动程序都是最新的，特别是硬盘、内存和主板的驱动程序。
如果可能的话，尝试在其他计算机上进行相同的升级操作，以排除硬件故障的可能性。
通过上述步骤，可以有效解决win2003 R2升级时提示另一个应用程序要求重新启动的问题，在处理这类问题时，保持耐心和细致是非常重要的。